第1集
順治十六年，從小生在深宮中的玄燁因自小缺少父母的疼愛，形成了天馬行空我行我素的叛逆性格，再加上順治對董鄂妃及董妃之子榮親王的過分疼愛更是忽略了其他皇子。從小玄燁為引起皇阿瑪的注意處處惹禍，哪知順治對他更是不屑一顧。玄燁從小由孝莊教養，孝莊對玄燁的期望甚高。玄燁在課堂上不務功課，愛闖禍的他時時受罰。紫禁城中只有與自己從小一起長大的冰月格格和陪讀曹寅感情最好。在一年一度的秋圍中，玄燁偶然邂逅了在京當質子的靖南王之子耿聚忠，兩人惺惺相惜，結為異性兄弟。而耿聚忠因不慎傷了蘇克薩哈的兒子被關入大牢，性命堪憂，順治迫於滿臣們的壓力，不得不讓步，懲治耿聚忠。玄燁為救耿聚忠向順治求情，卻無功而返，反被順治冷落，無奈之下只有找到孝莊幫忙，孝莊對於玄燁突然對政事的關心疑惑不已，玄燁分析利弊雖句句有理，但朝政之事牽連甚廣，孝莊也無計可施。此時突聞靖南王耿繼茂領兵北上，玄燁認為事情似乎又有了一線轉機。
第2集
朝中大臣對於耿繼茂的異常舉動警惕慎微，軍隊在城門設防。耿繼茂因無兵部手諭私自離開藩地，觸犯了律法，被帶入大殿審訊，玄燁也一同前往。耿繼茂為表忠心，自願為兒請死，鰲拜乘機提出撤藩之意，被耿繼茂巧言駁回，並再次提出向蘇克薩哈賠償白銀十萬兩，以求朝臣一團和氣，順治順水推舟，又念耿繼茂有悔過之心從而赦免了耿聚忠的罪，並將其賜予玄燁為伴讀。同時為安撫蘇克薩哈順治將其子升官，事情終告一段落。順治到禦書房考核眾位皇子的書本學問，玄燁興致滿滿，意欲好好表現一番，不想中途被鐘粹宮來報的太監打斷，順治對董鄂妃母子的過分關心再次引起玄燁的不滿，情不自已的玄燁冒然頂撞了順治，順治被玄燁駁的無以辯白，憤怒不已，就此更加排斥玄燁。順治欲立尚在襁褓之中的榮親王為太子，被孝莊極力反對。榮親王病危，玄燁為四弟祈福爬上祭天神桿，之後毅然跳入湖中，結果一病不起，也由此引來天災，患上痘疹，同時董鄂妃病重。玄燁不得不被送至西華門外養病，順治分身乏術，對玄燁不甚關心，玄燁也甚感心寒，自暴自棄的他無意養病。冰月不舍玄燁懇求孝莊允許其出宮陪伴玄燁，聚忠與曹寅也一同前來求情，孝莊不忍最終應允。絕望中的玄燁得到三位摯友的陪伴與支持萌生起了生存的意志，決定好好養病。
第3集
在孫嬤嬤的照顧和三位好友的陪伴下玄燁大病而愈，逃過了一?。病癒後的玄燁與冰月感情更為深厚。順治由於董鄂妃的病重暴怒異常，連孝莊太后也無暇多顧，更是遲遲不肯召回玄燁。董鄂妃病逝，順治傷心欲絕身染重疾，在病入膏肓之時將玄燁召回宮中，眾皇子於病榻前接受順治彌留叮囑教誨，玄燁心痛不已卻始終無法面對順治。順治自知命不久已，密召安親王岳樂進宮，欲將皇位傳位於他，一旁的貼身太監吳良輔將消息偷偷傳于康親王傑書等人。皇帝打算從兄弟中挑選繼位人的消息成為宮中不宣而明的事，孝莊也為此焦慮不已。孝莊召見安親王，收其女冰月為幹孫女，並賜封為和碩柔嘉公主，於是順理成章地成為了安親王的皇母，她暗示安親王自己希望由皇子繼位。朝中幾位大臣對孝莊太后的意願捉摸不定，也有的各懷鬼胎。玄燁因蘇克薩哈的無意之言與其拉扯衝撞，也因此被孝莊軟禁。安親王因孝莊授意再一次堅決推辭繼承皇位。
第4集
順治對於安親王的推辭無可奈何，但仍然堅決從兄弟，於是召滿漢兩大學士麻勒吉、熊賜履於榻前草擬遺詔。孝莊情急之下找到湯若望，希望請他出面勸阻皇上改其意願。湯若望及時進諫皇上，一番利弊分析令順治開始搖擺不定。順治召二皇子福全和玄燁入宮，想考核兩人的才學，玄燁語出驚人，見解獨道，此時恰逢邊關文書上奏，玄燁果斷而精闢的判決令順治對其刮目相看，不得不重新審視這個曾經被自己冷落的皇子。猶豫不絕之時，順治接受湯若望的建議安排又一次的考驗，交由天定。最終玄燁通過考驗，順治終下定決心將皇位傳于玄燁。順治在彌留之際大徹大悟，孝莊母子倆有了一次真心的肺腑傾談，順治對於過去的所作所為也深感悔悟，兩人也將未完心願及大業共同寄託于玄燁身上。順治想見玄燁最後一面，此時玄燁卻不知所蹤。
第5集
尚在軟禁之中的玄燁帶著聚忠和曹寅偷偷溜出了慈寧宮，將紅衣大砲搬至坤寧宮門外並損毀了祭天神桿，孝莊對玄燁此舉甚為惱怒。兩人在順治病榻前聆聽最終遺言，祖孫三人感慨萬千，順治終在龍馭歸天之際頒下口諭傳位於玄燁，也未來得及擬下詔書。失去父親的玄燁悲痛不已。順治十八年正月初七，順治駕崩之時正是新帝即位行大禮之時，大殿之上，吳良輔有意無意地將順治曾擬的傳位於康親王的半封遺詔掉落於地，簡親王德賽順勢將遺詔當眾宣讀，引起在場大臣的一片譁然。此舉令孝莊措手不及，滿大臣也為忠於先帝還是皇太后而議論紛紛，猶豫不絕。迫于孝莊及朝中形勢的壓力，情非得已的玄燁不得不選擇接受繼承皇位。孝莊急於拉攏漢大臣，以支持玄燁繼位，而滿臣則為了維護滿人的利益意在阻止有漢人血統的玄燁繼位。另一方面，孝莊秘密會見安親王，企圖請他說服宗親大臣。而為了穩住滿臣，孝莊意欲首要拉攏重臣索尼，由其牽頭說服滿臣。
第6集
玄燁為自己被人擺佈而不能自己作主依然無法釋懷。此時前線傳來綠營水師捷報，孝莊還未來得及嘉獎卻被康親王捷足先登，提早以親王身份犒賞漢軍，而其真正目的實為自己贏得八旗及漢軍軍心。至此八旗滿臣都已被康親王攏絡，孝莊將最後一絲希望寄託于索尼身上，而孝莊未來得及造訪索尼便傳來了平西王吳三桂領兵進京的消息。康親王召集各位滿漢大臣及王公宗室室于武殿共同商議應對之法，會議之中眾人決定讓孝莊太后儘快立新君以下旨對抗吳三桂。孝莊召集各宗室親王、議政王大臣、滿漢大臣和八旗都統于乾清宮商議立新君之事。大殿之上，孝莊在與眾臣的翰旋之下，將玄燁捧上龍座，同時任命索尼、蘇克薩哈、鰲拜、遏必隆為四輔臣，玄燁終登上皇位，接受文武百官的朝拜。登基後的玄燁下旨令八旗出城對抗吳三桂，吳三桂藉祭祀之名進京兵諫的陰謀落空。
第7集
玄燁一下子從皇子躍升為皇帝身份，本不情願做皇帝的玄燁毫無悅色，向聚忠等三人表示希望以後會將自己相待如前，不必拘必拘于之禮，為的是不想失去唯一的朋友。孝莊對吳良輔曾經做過的事心知肚明，新主風波過後便將其賜死，康親王等人也因此謹言慎行，有所收斂。玄燁登基後的幾年裡，朝政由四輔臣把持，此時的康熙初年江南發生了“奏銷案”，江南士子因議論朝政而被朝廷藉欠交錢糧之由強制打壓，牽涉之人達上萬人之多，議政王大臣會議上形成保守強硬兩派。毫無顧及的玄燁與侍衛玩摔跤，打成一片，被孝莊撞見，孝莊一氣之下將侍衛重罰，也狠狠地訓斥了玄燁，逼著他上朝聽政，並將叛逆的玄燁交給安親王教導，而安親王對接手的燙手山芋也是苦惱不已，管也不是，不管也不是，左右為難。佟妃終於如願以償當上皇太后，從而一掃以前所受的委屈，可惜從小與兒子的疏遠使母子倆心中仍有隔閡，玄燁對皇太后的態度也十分冷淡。早朝之上，滿臣提出增加練餉，引起漢臣的反對，第一次上朝聽政的玄燁顯得坐立不安，卻在雙方僵持不下之時發表了自己的見解，令大臣們深感意外。玄燁在當皇帝的兩年時間裡整日只知和聚忠冰月等人玩耍，不務正業，更是對朝政毫無興趣，安親王藉機讓冰月勸導玄燁，冰月成了玄燁實過其名的勸諫官。
第8集
玄燁和聚忠冰月等人出宮遊玩時偶然邂逅了江南名士陸健，兩人一見如故，談話之中陸健對當今之世的精闢見解及獨到的治國之道令玄燁受益頗多，陸健也對玄燁的氣度與才華深為讚賞，二人就此結下忘年之交，玄燁更在第二日再攜聚忠曹寅毅然拜陸健為師。在以後的一段日子，玄燁便常常帶著兩位好友偷偷出宮受教受教于，孝莊心知而不點破，順其自然。議政王大臣會議上，四輔臣藉江南巡撫朱國治上奏的江南戲曲<金蓮怨>有暗諷朝廷之意，意欲懲治漢人，受到漢臣的極力反對，滿漢兩派爭鋒相對，情急之下的鰲拜扯斷了漢臣魏裔介的朝珠，令在場漢大臣們憤然離去，為表心中不滿，漢臣們在第二日早朝之時集體稱病，孝莊出面調停，旁敲側擊地打壓了滿臣的氣燄。正當四輔臣覺得事已無望之時，卻收到密告，原來是嘉慶吳之榮狀告湖州莊廷龍，南潯朱佑明，海寧查繼佐以及一幹江南名士私刻明史詆毀朝廷，輔臣們覺得似柳暗花明，乘機將幾位稱病漢臣騙回朝中親自處理此案，滿臣也因此坐收漁翁之利。於是轟動一時的明史案便拉開了序幕。
第9集
第二日，輔臣在早朝之時提出明史奏折一事，並乘機將此案交由三司會審，迫使漢臣不得不嚴辦。孝莊為求朝中滿漢之間的平衡作壁上觀。漢臣氣勢低落，正無可奈何之時，熊賜履突然間想到江南好友陸健曾偶然提到的兩位人中少年，早起疑心的熊賜履找到陸健，告之兩人的真實身份，希望藉陸健請出皇帝為漢臣扳回頹局。師徒兩人坦誠相對，玄燁欲請陸健入宮為師，不想陸健竟牽連進明史一案中。玄燁為救老師便在聚忠和冰月的幫助下將陸健父子藏進了安親王府。第二日早朝之中，玄燁一反常態參與朝政議論，不僅滿漢大臣頗感意外，也令康親王等人感到事有蹊蹺。冰月與玄燁的談話被安插在宮中的康親王爪牙聽到，康親王得知原委方知是皇帝有意包庇。四輔臣商議對策，精明的索尼假意稱病避開禍端，既有明哲保身之意又可坐收漁翁之利。陸健的身份被安親王識破，不得不攜子出逃，卻仍被早已等候的鰲拜於王府門前抓獲，正逢玄燁等人前來探望，玄燁為此對安親王誤會頗深，也因此對冰月耿耿於懷，大吵了一架。陸健父子被關入大牢，玄燁下定決心要救出兩人。
第10集
玄燁深夜召鰲拜商議明史一案，希望此案能就此打住，鰲拜立場堅定，執意要嚴懲到底。此時皇太后病重。深夜安親王進宮向孝莊訴說王府捉拿陸健的前後原委，被玄燁撞了個正著，兩人誤會也越來越深。玄燁想請求孝莊幫忙卻還是無計於事，還與孝莊的關係鬧僵。憋了一肚子怨氣的玄燁心有不甘，回到寢宮大發脾氣，與聚忠冰月等人鬧得不歡而散。輔臣得知孝莊也反對皇帝所為的立場後，便乘勝追擊意欲加重懲處，擴大事態，以給漢臣沉重一擊，為此明史一案牽連更廣，索尼也乘此時機回朝。漢臣情急之中想出利用民怨來壓制滿臣的囂張氣燄，一時之間各地百姓士子紛紛罷考罷市，對抗朝廷的濫權濫罰，同時漢臣呈上萬言折，滿臣最終不得不妥協。心有不甘的輔臣無奈之下正準備就此打住，終了此事之時，再次收到吳之榮搜來的整部明史，原來為明史作序的人之中有前漢人禮部尚書李令哲，滿臣如得救命草。早朝之上輔臣氣燄跋扈，就連皇帝也無言以駁。蘇克薩哈前往獄中勸降陸健，對其威逼利誘，更是企圖讓他誣陷漢大學士熊賜履，陸健心痛不已。
第11集
李令哲的出現令漢臣措手不及，漢臣們個個黔驢技窮，只得怨天尤人。迫於形勢漢臣們不得不一起倒戈，請求嚴辦明史一案，並同時稱病避朝，也為求能夠明哲保身，玄燁為此怨聲載道，失落至極。孝莊到獄中探望陸健，說服其以身殉國，成全帝皇的穩定統治，也能就此了結明史一案，以平息天下之亂與朝中的滿漢之爭。陸健深明其中之意，為成全大局毅然喝下毒酒。此時皇太后病危，玄燁卻在獄中陪伴老師陸健，遲來的玄燁沒能阻止陸健赴死，陸健臨死之前交出認罪書，並囑咐玄燁，望其能在將來為明史一案平反。悲痛之中的玄燁趕到壽康宮見皇太后最後一面，痛上加痛的他更是傷心欲絕，心疼三哥哥的冰月也情不自己安慰著玄燁。隨著皇太后的薨逝，孝莊下令天下大赦，歷時兩年的明史一案就此落幕。
第12集
由於長時間的大雨漣漣，導致洪水氾濫，河南豫北一帶發生瘟疫，死傷不少，大殿之上各位臣工商議應對之策。漢臣主張派出欽差大臣前往災區治理，而長年生活在關外的滿人從未得過疫症，因此對漢臣的主張嗤之以鼻，不予理會。心中一直牽掛著瘟疫之事的玄燁對於瘟疫也是知之甚少，而書上對於其治癒之法也是鮮有記載。天真頑皮的冰月在宮中喜歡找玄燁玩，可玄燁卻總愛叫她煩月格格，也使得聚忠和冰月兩人走的更近，聚忠對冰月也是格外地關心。瘟疫發生不多幾日便已蔓延至全省，卻仍然未能引起朝中滿臣的高度重視，關於治理瘟疫的方法滿漢大臣都各有所顧及因而態度都顯得不夠堅定明朗，玄燁只得暫交由四大輔臣作主。為瘟疫一事而苦惱的玄燁帶著父親順治爺留下的一艘小船去找湯若望釋疑，也從湯瑪法的教語中受益頗多。
第13集
京城裡也開始了大雨漣漣的日子。冰月找到玄燁，兩人在雨中說著心裡話，兩顆心也更靠的格外的近了。瘟疫蔓延得越來越廣，涉及多省，再加上乘人之危者，不少受災區已變得滿目瘡痍，一意孤行的鰲拜反對漢臣提出的封城建議，但即使封城卻也為時已晚。終於，瘟疫蔓延至京城，輔臣遏必隆、定南王孔四貞相繼染上瘟疫，染疾宗室大臣也有數人，眾多染病者不得不被送至西郊皇陵禁閉養病。此時輔臣才知事態嚴重，孝莊也為此向輔臣大發雷霆。被瘟疫攪亂的紫禁城處在一片陰霾之中，為瘟疫一事而心煩的玄燁去探望冰月，卻被冰月拒絕，原來冰月也不慎染上了疫症，玄燁焦慮萬分，不顧嚴禁私藏疫症患者的律令將冰月藏於自己寢宮之中，卻仍被精明的孝莊識穿，玄燁被逼著將冰月送出紫禁城。不得已送走冰月後的玄燁心裡始終放不下妹妹，甚為擔心冰月安危的他不顧孝莊的勸誡毅然前去皇陵陪伴冰月。
第14集
玄燁和聚忠曹寅等人連夜冒著大雨趕到西郊皇陵，玄燁看著奄奄一息的冰月十分心痛，危在旦夕的冰月連太醫也迴天乏術，情急時刻，聚忠突然想到湯瑪法，於是連夜快馬加鞭去找湯瑪法求救，湯若望在危急時刻及時帶著從廣州送來的西藥金雞納趕去救人，冰月等人終逃過死?。隨著京城瘟疫的逐漸平息，事情也告一段落，幾位輔臣也為此事引咎受罰。湯若望因在治理瘟疫中立下大功，玄燁甚為讚賞，也由此引來輔臣的不滿。皇帝親臨湯瑪法的壽宴更是令輔臣忿忿不平，憋了一肚子的怨氣。因瘟疫一事而士氣受損的輔臣又將矛頭直指漢臣之首湯若望，想藉整治湯若望之機摧毀漢臣在朝中的根基，以打擊漢臣，重振滿臣威望。幾位輔臣的議會上，蘇克薩哈將康親王在瘟疫事件中偶然救回府的前朝欽天監正楊光先引薦出來，原來楊光先一直蓄謀上告湯若望以報當年湯若望排擠自己欽天監職務之仇，由此開始了又一輪以四輔臣起事的“天算案”。索尼有感事態非同小可，便藉丁憂之名避而不朝。輔臣們想方設法在京城散布謠言以詆毀湯若望，曾參殺人，讒言三至，隨著謠言的氾濫京城百姓也信以為真了，從而為輔臣們設計湯若望奪得了民心。漢臣們得知後憤慨不已。
第15集
漢臣心中對幕後主使已是明暸，雖替湯瑪法感到不平卻也苦無良策。孝莊為求朝中君臣之間的平衡避而不出面，只是暗示湯若望辭官故里。首輔索尼的告假使朝政大權落于次輔蘇克薩哈手中，蘇克薩哈急於貪功，不顧孝莊太后之意在湯若望還未來得及辭官之前便將其捉拿關入大牢，等待禮吏二部的審訊。孝莊有心袒護湯若望，卻被蘇克薩哈呈上的萬民折以民心駁的無言以對，只好任由輔臣?權而只是向其暗示要適可而止。玄燁對於孝莊冷落湯若望被捕一事疑惑不解，也尤為不滿。輔臣們商議禮吏兩部會審之中的刑部主審交由謹慎怕事的漢尚書龔鼎孳接任，企圖操控其達到治湯若望之罪的目的，玄燁得知後也深感不安。龔鼎孳被三位輔臣威逼利誘而猶豫不絕，不想家中龔夫人顧橫波對其勸諫寬慰，希望他能夠毫無牽掛地明言正身，秉公辦理。
第16集
湯若望接受刑部審訊，在審訊過程中龔鼎孳秉公審理，引起滿臣官員的不滿，此舉也完全出乎輔臣的意料之外，玄燁此時方知龔鼎孳為官是看似為明哲保身，而實為默默無聞兢兢業業的後援幹將。輔臣為把龔鼎孳從天算案中撤換掉，便又故技重施，在民間散布謠言詆毀龔夫人出身青樓，使作為朝廷官員的龔鼎孳名譽受損，藉此逼其引咎辭職。孝莊對於輔臣將一品官員身份的龔鼎孳外調二品巡撫也是頗有微詞，龔鼎孳覲見孝莊太后時表明將誓死不辭官，還講述了自己與龔夫人的故事，令孝莊大受感動，當下冊封龔夫人為一品誥命夫人。蘇克薩哈不顧孝莊對龔鼎孳的支持一意孤行，誓要除掉湯若望，以求首功，想藉機取代索尼的首輔之位。審訊之中年老體弱的湯若望被楊光先步步緊逼，導致病發而毫無辯駁之力。玄燁等人為此感到十分擔憂，此時聚忠翻查到湯若望曾經對天文現象的預測，五天之後便會有天狗食日，玄燁如獲至寶，升起一線希望。
第17集
玄燁等人親臨審訊現場，不時在湯若望和楊光先的辯論之中巧妙斡旋，同時玄燁對審案方式提出質疑，認為審理天算案的主審官絲毫不懂天算，似有不公，於是提出在五日之後的天狗食日之日，以湯若望所代表的西洋時憲歷和楊光先所代表的大統歷以及回回歷三種曆法測試天狗食日的準確時辰，從而判定真假。日食當日，在三種曆法的比試之下西洋時憲歷稍勝一籌，結果禮部卻下判三種曆法為和局，令玄燁大為震怒，由此對蘇克薩哈耿耿於懷。而避朝的索尼卻隔岸觀火，意欲等待時機。此時所有的滿漢大臣包括皇帝都在等待著最關鍵的刑部判決，蘇克薩哈再次對龔鼎孳逼誘，甚至以龔夫人要挾，另一方面漢臣也對其寄予厚望。正值關鍵之時，龔鼎孳突然辭官，令幾位漢臣們大感意外，原來早在天算比試之後龔夫人就已辭世，但龔鼎孳在臨走之時將天算案交由殿前禦審，將最後一絲希望寄託於皇帝身上。玄燁為龔鼎孳送行，並定下來日再續君臣之緣。
第18集
玄燁終於明白輔臣不顧一切地要除掉湯若望是擔心皇帝親漢遠滿以重蹈順治朝的覆轍，便下定決心誓要為湯瑪法翻案。殿審之時，大殿之上只有玄燁聚忠二人懂得天算，輔臣認為審訊似有利于湯若望，便使毒計稱湯若望以反清迷信之法為皇族錯誤地選擇葬期葬地，企圖以天算之名謀害皇室，此舉令玄燁措手不及，蘇克哈薩哈乘勢對湯若望大加誣衊，與玄燁爭鋒相對，其目中無人毫不留情地言詞終於激怒了玄燁，玄燁認為蘇克薩哈有辱先帝之名，更是抹殺了順治的一切功績，一怒之下當著眾臣的面打了蘇克薩哈，在場大臣無不愕然。顏面盡失的蘇克薩哈稱病避朝，其他三輔臣也乘勢集體提出辭退輔臣之職。玄燁被憤怒之中的孝莊痛斥一番，還誅連了三位帝師被賜死，安親王被逐出議政王大臣會議，聚忠被梃杖，冰月跟隨其父被遣返至封地。第二日，為安撫輔臣孝莊帶著心有不甘的玄燁親臨蘇克薩哈府中探望，並乘勢升其爵位反削弱其實權，令蘇克薩哈得不償失。
第19集
蘇克薩哈因天算一案士氣大傷，在朝中受到其他幾位輔臣的冷落。玄燁等人前去獄中探望湯瑪法時得知半月之內京城恐有地震。送走冰月後的玄燁心有餘悸，此時正為湯瑪法五日後即將行刑而愁苦不已，無計可施之時突然想到了湯瑪法預測即將在半月之後發生的地震，頓時心生一計。玄燁前去求助於孝莊，希望能將行刑之期延後，危急時刻孝莊突然為孔四貞公主賜婚，下嫁給孫延齡，按大清律令行刑因此推遲半月，從而為營救湯瑪法贏得了時間。
第20集
行刑之時，京城果然發生地震，行刑因此而被耽擱，玄燁想藉天怒之名赦免湯若望的死罪，孝莊也暗示輔臣予以大赦，輔臣不甘心因此功虧一簣，雖將湯若望一干人等罪刑減等，卻毅然由斬首改判降為自縊，漢臣們對輔臣的做法怒不可遏，陷入絕望。玄燁也終於忍無可忍，決定最後放手一搏，想出製造天意假借天意之名以迷信對迷信，以其人之道還治其人之身，於是偷偷命人放火焚毀了坤寧宮，心知肚明的孝莊藉機將輔臣的一意孤行痛斥一番，輔臣最終只得退讓，赦免了湯若望。歷時半年多之久的天算案終於了結。可惜飽嘗牢獄之苦的湯若望加上重病在身，不多幾日也辭世而去，玄燁對於孝莊在整件天算案中所表現出來的冷淡及其太皇太后身份下所掩飾的深不可測而與孝莊之間產生隔閡。
第21集
玄燁在聽政之時不發一言，將朝政之事全權交由四輔臣作主，而鰲拜與蘇克薩哈因鑲黃與正白兩旗職務發生分歧，同時索尼在早朝之時提出選秀事宜。鰲拜對自己所在的鑲黃旗刻意偏袒使得玄燁聚忠等人頗有微詞，卻也因尚無實權而無法明言。玄燁帶著聚忠等人微服出巡時在因緣巧合之下邂逅了索尼的孫女赫舍裡芳兒，兩位同樣好強之人初次相遇難免偶有口舌之爭，由此誤會頻生。爭強好勝的芳兒與玄燁相約第二次的比試，比試之上芳兒被玄燁的文采所打動，不由產生欽佩之情，玄燁也對聰慧而又好勝的芳兒很是喜歡，時時刁難她，更是乘秋圍之時指明要索尼的孫女也來參加。圍獵之中芳兒盡顯幗國本色，其勇氣也頗受玄燁的讚賞，更將黃馬褂賜予她，此時芳兒方得知曾經與她比試之人便是皇帝。
第22集
在秋圍期間，心細縝密的芳兒讀出玄燁思念妹妹的心思，被玄燁視為難得的知己好友。回宮後的第一天，由於孝莊的大壽將至，安親王及冰月被召回宮中，玄燁興奮不已。兩人經歷一場離別之後心拉得更近，冰月對皇帝哥哥的感情發生了變化，人也變得更加地心事重重和多愁善感，令玄燁和聚忠等人感到十分莫名。而芳兒的突然出現也是令冰月對玄燁有所顧慮，再加上孝莊在壽辰之日對芳兒的盛贊與疼愛以及玄燁對其的態度，更是使得冰月心有餘悸而變的喜怒無常。玄燁對冰月的反常舉動感到不可理解，心中卻也是牽掛無比，便暗地裡讓聚忠代為探望，而冰月也為聚忠對自己的疼愛十分感動，兩人心照不宣。
第23集
多日見不著冰月心有所失的玄燁不僅受到聚忠莫名的責備，自己也迫不及待地想找冰月尋求解釋，不想冰月在寢宮中沐浴之時恰巧被玄燁撞了個正著，玄燁也由此病了一場。孝莊得知此事後打算早日為皇帝選秀，而玄燁在經歷此事之後才逐漸明白自己的心意，兩人誤會化解，感情也隨之升溫，更是超出了兄妹之情。兄妹倆不尋常的親密關係引起了孝莊的重視，為保皇帝名譽只得又再一次將安親王父女發回封地，兄妹倆又是一番生離死別。安親王為此也是苦惱不已，為了替女兒贏得幸福，便覲見孝莊太后將冰月非自己親生女兒之事實抖落出來，得知真相後的孝莊十分驚愕，卻又不得不顧全大局，依然堅持要送走冰月。孝莊為了不讓玄燁步太宗與世宗的後塵，便將芳兒賜婚給玄燁，將冰月賜婚給遏必隆之子。
第24集
得知消息後的玄燁震驚不已，無奈太皇太后的懿旨已下，玄燁終不能挽回局面，使孝莊改變心意，再者礙於兩人的兄妹名份，絕望之中的玄燁也不得不在皇位與整個國家之下屈服。心懷叵測的蘇克薩哈唆使鰲拜自薦其女瓜爾佳氏為後，被孝莊駁回，兩人落得個悻悻而歸。得知此事後的玄燁表示寧可被輔臣們當作爭權奪利的籌碼也要找回冰月，於是不顧一切地再次去見冰月，兩個失落之人終於互吐心事，只可惜皇命難違天意如此，兩人只得認命。心疼女兒的安親王抑制不住心中的情緒向先帝道出冰月身世，卻被聚忠偶然聽到，同時還有康親王安插在安親王府中的人偷聽。得知冰月身世後的聚忠經過一番心理掙扎決定向玄燁隱瞞真相。而居心叵測的康親王意欲起事，便煽風點火，將冰月非安親王之女的消息散佈於京城，致使玄燁失去理智出宮追回冰月。找到安親王的玄燁向其對質，安親王矢口否認，令玄燁將信將疑，不以為然。
第25集
受命於孝莊的聚忠及時攔住了玄燁，兩人兵戎相對。玄燁在將聚忠制服後終於見到冰月，並意欲帶其回宮，卻沒有想到兩人正一步步走進康親王欲先設計好的埋伏之中。夜晚一行人在迦葉寺留宿，而寺中的僧人早已被康親王收買，偷偷在玄燁與冰月的房間裡點上了催情迷香，致使兩人有了肌膚之親，待聚忠趕到也為時已晚，聚忠心痛不已。第二日，玄燁更是義無反顧地帶著冰月進宮面見孝莊，請求賜婚予二人，並立冰月為後，孝莊惱羞成怒，但木已成舟也無能為力，深知利害的孝莊一時陷入困境之中。皇帝與冰月格格夜宿迦葉寺一事頓時在京城裡傳得沸沸揚揚，遏必隆為自保也為成全皇帝便藉口其子意外致殘向孝莊退婚，另一方面，玄燁欲與芳兒結兄妹之誼，被皇帝退婚的索尼也因不堪受辱向孝莊提出退婚，此時的孝莊騎虎難下。
第26集
芳兒因為玄燁的任性之舉而情緒低落，同時也甚為擔心。玄燁的一意孤行令孝莊左右為難，此時又正受到宗室親王的集體發難，孝莊與眾親王百般斡旋，無奈之下只有決定將冰月賜死。獲知消息後的玄燁如五雷轟頂，不顧一切地趕去救冰月，半路上卻遭遇到安親王及侍衛們的阻撓，而得知消息的聚忠在情急之下領兵前往宗人府，並向玄燁請求賜婚欲娶冰月為妻，無可奈何的玄燁只得應允。危急時刻，聚忠帶兵闖入宗人府，及時地救下了冰月。孝莊為此勃然大怒，還當著祖宗的面狠狠地訓斥了玄燁，而玄燁的此種舉動自然引起了宗室王公的不滿，索尼對此也是頗有微詞。
第27集
由於帶兵私闖宗人府的罪責重大，各宗室王公大臣和四大輔臣連夜覲見孝莊太后，希望嚴懲有關人等，孝莊將聚忠等一幹人重罰，卻拒絕接受親王提出的撤掉靖南王的藩王身份，正當雙方僵持不下之時，索尼向孝莊提出賜婚一事，希望早日為孫女芳兒與皇帝完婚，原來這是芳兒為救危難之中的玄燁想出的一計。眾親王大臣雖有不滿卻也只能就此作罷。玄燁無奈地接受了冰月嫁給聚忠的事實，依依不舍地送走了冰月。兩人各自在同一天完成了大婚。
第28集
失去了冰月之後的玄燁變得心中若有所失，整日沉默寡語，意氣大不如從前，由於冰月一事也使得玄燁與聚忠兩人之間有了隔閡。同時首輔索尼病了。大殿之上，鰲拜氣燄跋扈，目中無人，大有一手遮天之勢，早朝之時又提出了將鑲黃與正白兩旗換地一事，受到隸屬正白旗的蘇克薩哈嚴詞激烈的反對，鰲拜便又提出了圈地，也受到了朝中不少大臣尤其是漢大臣的反對。於是，圈地一事便交由戶部尚書蘇納海和直隸總督朱昌祚、直隸巡撫王登聯三人來處理，換地一事也令蘇克薩哈忿忿不平。玄燁在親自勘量圈地的過程中與王登聯多次接觸，對其的正直不阿以及處處為民著想的性格為人頗有好感，因此也十分重視此人。在一次偶然之中玄燁在直隸之地遇見了一位和冰月長得一模一樣的女孩兒，便派人多次秘密查訪，原來這位女孩兒是住在水月庵裡和母親相依為命，名叫桑榆。
第29集
在與桑榆的相識之後，玄燁秘密向安親王求證冰月親生父母一事，得知冰月還有一位孿生妹妹，驚喜不已的玄燁意欲通過桑榆再續與冰月的未了情緣，於是便常常去水月庵與桑榆見面，因為冰月的關係玄燁也更是對她格外地關心，但卻發現王登聯與桑榆的關係非同一般。本不贊成圈地的玄燁也因為有著桑榆的緣故下定決心說服滿臣禁止對直隸的圈地，便在議論朝政之時，施計以直隸是福瑞之地為藉口從而堵住了鰲拜等人的嘴。此舉被康親王看出端倪，認為事有蹊蹺。聚忠從曹寅口中得知桑榆一事而正欲告訴冰月之時，卻發現冰月有了身孕，聚忠驚喜萬分，並向冰月承諾會將腹中孩子當成自己的親生兒子一般撫養，令冰月感動異常。第二日，冰月進宮向孝莊太后報喜，而得知此消息的玄燁如當頭一棒，傷心欲絕，也因此對冰月及聚忠耿耿於懷，心中有了介蒂。失落至極的玄燁再次找到桑榆以求安慰，桑榆在玄燁酒醉之中方得知他的真實身份，玄燁把桑榆當作冰月訴說著自己心中的委屈，更是在一怒之下將桑榆冊封為月貴妃。
第30集
靖南王府中，冰月無意間從聚忠與曹寅的談話中知道了有關桑榆之事，三人決定請皇后出面阻止玄燁，以免惹出事端。冰月也乘此機會偷偷與母親相會並相認。皇后此時出面加以阻止卻也是力不從心，玄燁執意要將桑榆接進宮中，皇后只得退而求其次，答應願意接桑榆進宮並幫忙掩蓋此事，沒想到此時桑榆突然失蹤，原來是桑榆之母在得知女兒與皇帝的這段偶遇之後感到事態嚴重，便帶著桑榆慌忙出逃，而桑榆的知己王登聯也答應在圈地事宜完結後辭官與之一起逃往關外隱居。桑榆母女在逃亡過程中遭到康親王府一幹人的追捕，桑榆之母不幸身亡。危急之時，巧恰遇上正在勘量土地的官員，桑榆被誤以為是冰月格格而被送進了靖南王府，兩位姐妹也就此相認。得知消息後的王登聯也趕來王府與桑榆團聚，因為擔心其久留王府會生事端便快刀斬亂麻將圈地一事了結，其上奏停止圈地的判絕結果觸怒了鰲拜，使鰲拜懷恨在心。王登聯向玄燁提出辭官，卻在還未來得及離開之時便被鰲拜捉入大牢，同時被抓的還有另兩位處理圈地的官員蘇納海和朱昌祚。此舉令滿漢大臣皆為不滿。對於王登聯的被抓桑榆誤以為是皇帝因為自己而嫉恨所為，便以冰月的身份進宮向玄燁求情，被玄燁斷然拒絕。
第31集
對於三位朝廷命官入獄一事，鰲拜以其妄議朝政有結黨營私之嫌上奏，因其涉及到蘇克薩哈所屬正白旗的利益，也與之對駁於早朝大殿之上，玄燁不發一言，也因無法越權。朝中滿漢大臣對鰲拜的專橫跋扈甚為不滿，卻也只能忍氣吞聲。此時靖南王府突然失火，恰巧簡親王路過執意要帶兵進府救火，桑榆因怕身份暴露而連累冰月等人毅然在府中自盡，無奈之下聚忠及冰月帶著奄奄一息的桑榆於慌亂之中逃往玄燁處，無力回天的桑榆最終還是死在玄燁與冰月的面前，兩人悲痛不已。經過此事以後，玄燁幡然醒悟，重振士氣，誓要與聚忠等人同鰲拜對抗到底。第二日的朝堂之上，鰲拜與蘇克薩哈針鋒相對，矛盾一觸即發，此時玄燁雖無權管理朝政，但卻將蘇克薩哈加官進爵，更是乘索尼養病之時將首輔之職暫交由其接任，總攬朝政，就此向鰲拜宣戰。手握大權的蘇克薩哈於是乘勢意欲在鰲拜大壽之時以瑪爾賽所蒐集到的證據將其及其黨羽抓獲，徹底除掉鰲拜，玄燁不敢冒然將自己牽扯其中，便作山觀虎鬥，從而坐收漁翁之利。而索尼雖抱病在家，卻時時留心朝中之事，對於鰲拜的真正底細不甚明暸，也不敢冒然出面。此時獄中的王登聯在桑榆死後變得心灰意冷，迫于朝中正值關鍵形勢，玄燁也不得不忍痛將其犧牲掉。鰲拜大壽之時，七旗邊關重將同時趕往京城前來拜壽，同時鰲拜催促各官員前去參加壽宴，此時蘇克薩哈所召集的正白旗幾位大人也因勢見利，再加上瑪爾賽的突然倒戈，都紛紛前去鰲府拜壽，蘇克薩哈也落得個前功盡棄，從此，其在朝中大權旁落，備受眾官員的冷落。
第32集
鰲拜與蘇克薩哈之爭以蘇克薩哈失敗而告終，蘇納海、朱昌祚、王登聯三人被絞死，圈換土地依然實施。皇上喜得皇子，冰月為此傷心不已，心灰意冷的她燒掉了玄燁曾經送給她的三道空白聖旨，打算對玄燁徹底死心，一旁的聚忠對其加以寬慰。早朝之上，鰲拜與蘇克薩哈之間的矛盾愈演愈烈，此時熊賜履提出請皇帝親政之事，受到鰲拜的反對與訓斥，眾臣皆對鰲拜的專橫跋扈敢怒而不敢言。事後玄燁也事后玄提出親政一事，想尋求孝莊的幫忙，出面請出索尼返朝，推動自己早日親政。位望隆重的索尼乃四朝元老，他的回朝令鰲拜有所顧及，此時聚忠替父親提出請皇帝親政，三藩及定南王府的孔四貞皆都同時上奏。索尼乘此機會勸說鰲拜退位，還政於帝，鰲拜雖對索尼有所忌諱，卻依然堅持己見，四輔臣鬧得不歡而散。議政王大臣會議上，索尼再次身染重病臥床不起因而缺席，病危之中的索尼再次勸說鰲拜退位。
第33集
索尼終於當夜去世，悲痛之中的芳兒與玄燁惺惺相惜。索尼去世之前留下的遺書廣泛流傳於京城，百姓們對索尼的去世感到惋惜，也都紛紛議論皇帝親政一事。蘇克薩哈在早朝之中將索尼的遺書上奏，逼鰲拜辭退輔臣之職，朝中眾大臣也皆乘勢上奏請求皇帝親政。三輔臣在面見孝莊之時，蘇克薩哈再次奏請皇帝親政一事，此時鰲拜被形勢所逼，也覺大勢已去無力挽回，終於應允與其他二輔臣還政於帝。至此玄燁終於親政，但也損失頗重，第一日早朝便有人上奏請求三輔臣繼續輔政，朝中大臣多為隨風轉舵之輩，迫於鰲拜的淫威也皆都紛紛上奏，令玄燁不得不妥協，使得大權仍然旁落。從此玄燁不再理會朝政，每天只知和布庫玩摔跤，他不僅對鰲拜言聽計從，任其為所欲為，更是對其加官進爵，榮寵備至。士氣重挫的蘇克薩哈在朝中備受其他大臣的奚落，意氣消沉，玄燁對其加以寬慰，君臣兩人化解閒隙，此時的蘇克薩哈方下定決心為除掉鰲拜誓要與其同歸於盡，便在第二日向皇帝提出辭政，向鰲拜施壓，懷恨在心的鰲拜將蘇克薩哈定下二十四項死罪，沒想到卻也得到玄燁的默許。
第34集
蘇克薩哈被打入大牢，甘願領死。此時玄燁終於決定向鰲拜正式開戰，於是在乘狩獵之時秘密與安親王岳樂會面，想請其返朝以籠絡宗親王室貝勒，以便在十日之後的祭天之日起事。安親王看出玄燁對鰲拜的放縱乃是仿克斷于鄢的鄭伯，毅然回朝。此後一段時期內，索額圖在朝中積極說服拉攏滿臣，而聚忠則聯絡各漢大臣。為了奪得兵權，玄燁藉皇后之名想將掌管京城兵馬的九門提督一職交由索額圖擔任，甚為不滿的鰲拜對皇帝的任性之舉顯得無話可說。此時鰲拜身邊的親信大都被玄燁分派到京城外各地任職，玄燁則想方設法將索額圖掌管九門提督一職拖至祭天之日。嗅出危機的鰲拜頓時提高了警覺，最終經不住親信及受康親王唆使的簡親王等人的慫恿決定兵諫國門。鰲拜命姪兒納爾杜接任御林軍統領將紫禁城中原兵馬調換，紫禁城外的兵馬也都換成了其親信黨羽。
第35集
同時，玄燁命聚忠從其藩地福建調任五千精兵進京備戰，以抵禦邊關回朝的兵馬，鰲拜得此消息後即刻派人將聚忠捉拿入獄，使得福建五千兵馬無人指揮，得此消息後的玄燁即刻召鰲拜進宮，卻獲知鰲拜裝病在家，於是果斷地帶著曹寅和索額圖等人前去探病，此舉也令鰲拜措手不及。鰲府之中，兩派由於鰲拜的見駕藏兵上演了驚心動魄的一幕。未能成功解救出聚忠的玄燁只得背水一戰，同時意欲安排孝莊與皇后等人出城避禍，卻被拒絕。祭天之日，鰲拜帶著遏必隆進宮面見皇帝，乘機逼宮，同時議政王大臣會議之上簡親王提出請皇帝退位，聚忠也正押赴刑場行刑，邊關將領也已回京聚集於城門之下。整個紫禁城如弦上待發之箭，皆處在一片高度緊張的氣氛之中。乾清宮之內，玄燁帶著布庫於大殿之上與鰲拜對峙，而刑場之上，聚忠被早已埋伏好的人救下，議政王大臣會議之中的形勢也完全出乎鰲拜的意料之外，眾王公大臣皆紛紛對簡親王群起而攻之，心懷鬼胚的康親王恐事情敗露牽連自己，竟將簡親王刺死。
第36集
另一方面，正當守城官兵屈于邊關兵馬的威勢而不得不開城門之時，瑪爾賽突然倒戈背叛了鰲拜，將邊關將領刺死，同時索額圖帶兵攻入紫禁城，與納爾杜等人展開激戰。此舉令鰲拜也是大感意外，但事已至此無法回頭的鰲拜不得不背水一戰，意欲擒下玄燁，由此與玄燁曹寅及眾布庫展開了殊死一戰。危急時刻，一旁的遏必隆使出致命一擊，毫無防備的鰲拜頓時敗於下風，不得不束手就擒。玄燁終於完全制服了鰲拜，至此，才開始了真正親政的日子，手中牢牢掌握住了大權。總攬大權後的玄燁勵精圖志，制定了不少政策措施，同時還為明史案，天算案，圈地案及蘇克薩哈平反。在乾清宮中，玄燁更是將河務、漕運、三藩視為三件頭等重要的大事，寫於柱子之上。聚忠作為玄燁的軍師兼好友也是盡心盡力輔佐玄燁。此時，三藩之一的平南王尚可喜上奏請求撤藩，引起聚忠的忌慮，玄燁對此避而不談。事實上，玄燁一直與安親王秘密商議撤藩之事。玄燁在第二日早朝之時宣布答應尚可喜的撤藩請求，令朝中大臣們議論紛紛。此時得知消息的吳三桂和耿精忠也上奏請求撤藩。擒鰲拜事之後的遏必隆被貶官，落魄之時受到玄燁的格外關切，還與皇帝賭了起來，但卻意外地於當夜猝死。
第37集
對於遏必隆的突然猝死，使得玄燁也未來得及下旨封賞。玄燁突然召聚忠與冰月進宮，幾位故友回憶往事皆都感慨萬千。正巧宮門外的一棵樹被下旨砍掉，冰月內心甚為悲傷，原來被砍的是冰月小時候為玄燁種下的，頓時各人心中也都五味陳雜。其間玄燁催促冰月去給孝莊太后請安，事後令聚忠感到有些蹊蹺。第二日，聚忠在進宮面聖之時，在乾清宮內正大光明牌匾後發現了一份寫有“三藩”的黃卷，聚忠對於玄燁的提早暗示心領神會，便即刻趕回藩府帶著冰月等人逃離京城。同時，玄燁急召眾臣正式宣布撤藩。聚忠一行人等在逃離路上仍被奉命追捕的曹寅截住，曹寅念及兄弟之情放走了聚忠等人，但卻還是被早已等候的玄燁碰個正著。僵持之下玄燁提出以下棋來定輸贏，關鍵之時玄燁擺出殘局，從而再次放走了聚忠與冰月等人，從此兩人便只有沙場上再見。回宮之後的玄燁將曹寅撤職，從此，玄燁身邊好友皆已盡失。接到撤藩聖旨的吳三桂殺掉了傳旨欽差雲南巡撫朱國治，正式起兵造反，吳三桂的起兵也使得另外二藩舉戈起兵，身在福建的聚忠與冰月無奈認命，而廣西定南王孔四貞也被逼造反。就此，玄燁與三藩正式開戰。
第38集
此時，孝莊臥病在床，對玄燁此舉頗為擔憂。沒想到自開戰以來，由於吳三桂攜復由于吳使得不少漢將紛紛倒戈投誠，再加上八旗入關之後久未出戰，也使得八旗軍力大大衰減，由此漢軍一路得勝，不少城池陷落，安親王也不得不被派往前線親自督戰。同時，不少地方土司及西藏蒙古等地也紛紛乘機起事，甚至提出裂土罷兵，而京城之中也是事故頻發。由於前線的節節敗退以及各地的亂勢，朝中形勢危急，眾臣商議對策，玄燁一時急火攻心，終於勞累過度憂慮成疾，從而一病不起，危急時刻皇后毅然肩負起了責任，代替皇帝主持大局。同時，皇后也受到病中的孝莊之開導獻計，一時之間朝中已無兵可派無餉可支，關鍵時刻皇后請出老將圖海出戰，同時將各臣府中家丁徵召入伍，並施計響應朝中各大臣認購軍餉，從而順利解決了出征西北之憂。
第39集
此時的康親王認為圖海定會兵敗，便乘人之危落井下石，企圖再次逼宮。雖然為出征西北徵得的軍餉未能如眾臣認購之多，但皇后亦決定破釜沉舟，對圖海寄予厚望。朝中不少大臣及王公對於戰事的頻頻敗退心急如焚，漸漸變得心灰意冷，也不得不考慮康親王所提出的廢掉玄燁以求裂土罷兵的建議，同時八位鐵帽子王受康親王之召也從盛京連夜趕往京城，得知此消息後的皇后為此也甚為擔憂。曹寅帶著順治的小船前來看望病中的玄燁，希望其能振作意氣。玄燁終於恢復意志，病癒之後的他對皇后曾經給予的幫助感動不已，兩人重振旗鼓，共同攜手克服困境。第二日，康親王被召入宮，乘機向玄燁提出退位，卻被告之圖海出征得勝，令其大感意外，同時，皇后將八位鐵帽子王帶入乾清宮，圖海的勝利使得眾人信心備增，八位王爺更是主動請纓出戰，玄燁希望康親王為大局著想上下同心，更是有意讓出皇位，康親王至此悔悟，兩人化敵為友。玄燁為自己的冒然出兵向眾臣請罪，並頒下四道詔書，針對三藩之戰重新制定策略，還毅然委以康親王兵權命其前往江南統領漢軍。
第40集
玄燁的四道詔書及重用漢軍剿撫並用的策略令清軍上下一心，很快扳回劣勢，收復失地。此時耿聚忠帶兵在仙霞嶺駐紮，玄燁帶著軍隊親自前去迎戰。兩位昔日好友不得不兵戎相見，其間聚忠還帶來了冰月母子倆，幾位好友相見又是一番感慨。在兩軍對峙之下，玄燁再次提出以下棋定勝負，結果由於玄燁的有意輸棋想再次放過聚忠等人，可惜聚忠無法忠孝兩全，便早已偷偷喝下毒藥自盡，好友的死去令玄燁悲痛萬分，而失去丈夫的冰月也傷心而又絕望地在玄燁面前自盡身亡，玄燁此時才知兩人所養之子為自己親生兒子，悔恨不已。帶著兒子回到宮中的玄燁在還未從失去好友的悲痛之中抽離卻又遭遇到皇后難產而死，不久以後孝莊太后也相繼去逝。花雨之中總是帶著些傷感，但卻是對往事最好的一種懷念方式，當緬懷著少年時的過往點滴，當告別曾經的傷痛與快樂，那些曾活在生命裡的親人知己也已深深地刻在玄燁的心中繼續也將永遠地伴隨著他成長。
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